For windows:
  cd %JAVASOURCE%
  dir/b/s *.java > sourcefiles
  javac -d %JAVATARGET% @sourcefiles

For unix:
  cd $JAVASOURCE
  find . -name '*.java' -print 2>/dev/null > files.txt
  javac -d $JAVATARGET @files.txt

or simply
  cd $JAVASOURCE
  javac -d $JAVATARGET `find . -name '*.java' -print 2>/dev/null`